第一条：
为了保障公民宗教信仰自由，维护宗教和睦与社会和谐，规范宗教事务管理，提高宗教工作法治化水平，根据宪法和有关法律，制定本条例。
释义：
本条是关于本条例的立法目的、立法依据的规定。
本条例的立法目的主要有四个：一是保障公民宗教信仰自由，二是维护宗教和睦与社会和谐，三是规范宗教事务管理，四是提高宗教工作法治化水平。
宪法第三十三条第三款规定：“国家尊重和保障人权。”第三十六条规定：“中华人民共和国公民有宗教信仰自由。任何国家机关、社会团体和个人不得强制公民信仰宗教或者不信仰宗教，不得歧视信仰宗教的公民和不信仰宗教的公民。国家保护正常的宗教活动。任何人不得利用宗教进行破坏社会秩序、损害公民身体健康、妨碍国家教育制度的活动。宗教团体和宗教事务不受外国势力的支配。”第五十一条规定：“中华人民共和国公民在行使自由和权利的时候，不得损害国家的、社会的、集体的利益和其他公民的合法的自由和权利。”第八十九条规定：“国务院行使下列职权：（一）根据宪法和法律，规定行政措施，制定行政法规，发布决定和命令……”以上是制定本条例的宪法依据。《中华人民共和国立法法》《中华人民共和国国家安全法》《中华人民共和国反恐怖主义法》《中华人民共和国行政处罚法》《中华人民共和国行政许可法》《中华人民共和国民法总则》《中华人民共和国民族区域自治法》《中华人民共和国刑法》《中华人民共和国教育法》《中华人民共和国慈善法》《中华人民共和国治安管理处罚法》《中华人民共和国文物保护法》等法律也是本条例的立法依据。此外，与本条例有衔接内容的行政法规还有：《社会团体登记管理条例》《出版管理条例》《印刷业管理条例》《互联网信息服务管理办法》《大型群众性活动安全管理条例》《国有土地上房屋征收与补偿条例》等。
第二条：
公民有宗教信仰自由。
任何组织或者个人不得强制公民信仰宗教或者不信仰宗教，不得歧视信仰宗教的公民（以下称信教公民）或者不信仰宗教的公民（以下称不信教公民）。
信教公民和不信教公民、信仰不同宗教的公民应当相互尊重、和睦相处。
释义：
本条是关于保障公民宗教信仰自由权利的具体规定。
宗教信仰自由是宪法赋予公民的一项权利。宪法第三十六条明确规定：“中华人民共和国公民有宗教信仰自由。”公民有宗教信仰自由，就是说：每个公民有信仰宗教的自由，也有不信仰宗教的自由；有信仰这种宗教的自由，也有信仰那种宗教的自由；有过去不信教而现在信教的自由，也有过去信教而现在不信教的自由。国家尊重和保护公民信教的自由，也尊重和保护公民不信教的自由，这是最基本的内容。宗教信仰是公民个人的私事，任何强制都是不允许的。无论信教的公民还是不信教的公民，在法律面前一律平等，享有和承担宪法、法律赋予的同等权利和义务，任何国家机关、社会团体和个人都不得加以歧视。
除宪法外，在我国许多法律中，都有关于保护公民宗教信仰自由、不得歧视信仰宗教的公民或者不信仰宗教的公民的条文。如：《中华人民共和国国家安全法》第二十七条规定：“国家依法保护公民宗教信仰自由和正常宗教活动，坚持宗教独立自主自办的原则，防范、制止和依法惩治利用宗教名义进行危害国家安全的违法犯罪活动，反对境外势力干涉境内宗教事务，维护正常宗教活动秩序。”